Cette section est encore en dévelopement dans la mesure ou l'utilisation de mon cluster évolue, jusqu'ici nous essayons d'écrire nos propres ensemble de routine de Message Passing pour établir la communication entre les processus des différentes machines.
Beaucoup d'applications, en particulier dans les secteurs informatiques de traitement du génome, sont massivement et facilement parallelisable. Cela signifi que la répartition parfaite peut être réalisée en distribuant des tâches de manière homogène entre les machines (par exemple, en analysant un génome entier en utilisant une technique qui travaille sur un seul gène, ou un seule proteine, chaque processeur peut travailler à un gène, ou à une seule proteine à la fois indépendenment de tous les autres processeurs).
Jusqu'ici nous n'avons pas trouvé la nécessité d'employer un système de gestion de file d'attente, mais évidemment ce dépend fortement du type d'applications que vous souhaitez faire tourner. (NDLR: ceal dépend aussi de votre environnement de travail, à savoir si votre cluster est partagé entre plusieurs utilisateurs en concurence ...).
Pour le plus important programme que nous faisons tourner (notre ab initio programme de simulation de pliage de proteine), en utilisant la machine avec un Pentium 3 à 1GHz comme référence, en moyenne :
Athlon 1.2 GHz est environ 16% plus rapide Xeon 1.7 GHz est environ 27% plus rapide Athlon 1.5 GHz est environ 38% plus rapide Athlon 1.7 GHz est environ 46% plus rapide Xeon 2.4 GHz est environ 62% plus rapide
Oui, l'Athlon 1.5 GHz est plus rapide que le Xeon 1.7 GHz car le Xeon execute seulement six instructions par horloge (IPC) alors que l'Athlon en execute neuf IPC (vous faites le calcul!).
Ces machines sont incroyablement stables, aussi bien en terme de matériel que logiciel une fois débuguées (habituellement les nouveaux batchs sur ls machines ont des problèmes), elles ont fonctionné avec une grosse charge . Un exemple est donné ci-après. Le reboot est généralement arrivé quand un composant electronique a grillé.
2:29pm up 495 days, 1:04, 2 users, load average: 4.85, 7.15, 7.72